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2012年1月，为把山东大学建设成为世界儒学中心，使儒学率先成为世界一流学科，进而带动相关学科快速发展，山东大学将原儒学高等研究院、儒学研究中心、文史哲研究院和《文史哲》编辑部整合成新的儒学高等研究院，文史哲研究院名称保留，《文史哲》编辑部相对独立。
山东大学儒学高等研究院不仅是一个独立的科研实体，更是一个开放性的公共科研平台。作为公共科研平台，儒学院将次第对全校、全国、全世界开放，对所有古典学术研究者开放，在这个过程中逐步将儒学院打造成为海内外古典学术研究特别是儒学研究的权威机构之一。目前儒学院设有中国哲学研究所、中国史学研究所、中国文学研究所、经学小学研究所、古典文献研究所、民俗研究所、许嘉璐办公室、庞朴办公室。现任院长许嘉璐，常务副院长徐向红、樊丽明，执行副院长王学典，党委书记巴金文，副院长颜炳罡、杜泽逊、黄玉顺。
原文史哲研究院成立于2002年，是由原文史哲研究所(1983年成立)、古籍整理研究所(1983年成立)、民俗研究所(1985年成立)合并而成。原儒学研究中心成立于2005年。原儒学高等研究院成立于2010年。《文史哲》则创刊于1951年。作为儒学院的源头和组成部分，上述机构有着共同的人文学术传承和深厚的学术根基。曾在研究院前身机构担任行政及科研职务的知名学者有华岗、吴富恒、杨向奎、萧涤非、王仲荦、关德栋、蒋维崧、王绍曾、葛懋春、丁冠之、董治安等。目前仍在从事科研工作的知名学者有庞朴、吉常宏、徐经泽、龚克昌、张忠纲、孟祥才、刘晓东、冯浩菲等。
研究院跨中文、历史、哲学、社会学4个一级学科和10个二级学科，现设中国古典文献学、中国民间文学2个独立博士点，与其他院部共建中国古代文学、汉语言文字学、史学理论及史学史、专门史、中国近现代史、外国哲学、中国哲学、科学技术哲学8个博士点，共建哲学、文学、史学3个一级学科博士后流动站;有外国哲学、中国哲学、科学技术哲学、民俗学、中国民间文学、文艺学、汉语言文字学、中国古典文献学、中国古代文学、史学理论及史学史、专门史、中国近现代史12个硕士点。中国古典文献学先后被批准为山东省重点学科和国家重点(培育)学科，民俗学研究所被批准为山东省非物质文化遗产研究基地，并成为文化部中国节日文化研究基地。院图书资料室现有藏书10万余册。线装古籍1万余册，多为明清刻本。其中明成化十年内府刻《改并五音类聚四声篇》为明“文渊阁”故物，《大正新修大藏经》有戴季陶手批，皆属珍贵典籍。
研究院是一个从事以传统国学为特色、以儒学研究为重点的学术研究和培养高水平研究生的综合性人文科研机构，在以古文、古史、古哲为标志的中国传统学术领域精心耕耘，取得一批具有时代高度的标志性成果，已成为山东大学哲学与社会科学研究的重要力量和山东大学“985”工程和“211”工程建设的主体力量。中国古典文献学、中国古代文学、民俗学、汉语史、史学理论及史学史、科技哲学等学科以深厚的功力和创新精神饮誉学界，先后承担国家、教育部及山东省哲学社会科学研究项目50余项，取得了显著的学术科研成就，形成了独特的研究特色，受到学术界的广泛关注。其中，史学理论、文献学、民俗学、先秦两汉文学、近代汉语、杜甫研究、诠释学与中国诠释学研究居海内外领先地位。
